在知识创新工程三期中，我们将具体围绕以下学科方向进行部署和组织：

     （1）可持续发展清洁能源
      能源战略研究 化石能源优化利用 新能源与替代能源 可再生能源 能源生态环境 新能源示范

     （2）资源环境优化
      碳资源综合及高效利用 水资源综合利用

     （3）生物技术
      系统化学生物学 代谢组学和工程 工业生物技术 组分中药 材料生物技术 芯片技术

     （4）基础研究
      能源科学的基础研究 环境与大气化学的基础研究 化学科学中的科学前沿课题 发展一流的实验研究方法和原创的理论方法

     （5）材料相关研究
      能源材料 纳米材料 生物材料 分离材料 国防材料

     （6）国家安全技术